يتكون مجلس الأمناء من 15 عضوًا وقد تم تشكيله برئاسة السيد المستشار/ عبد الوهاب عبد الرازق، رئيس المحكمة الدستورية العليا الأسبق ورئيس مجلس الشيوخ المصري، بجانب أربعة نواب هم السيد/ سيدي محمد ولد بوبكر، رئيس الوزراء الأسبق لجمهورية موريتانيا، والسيد القاضي إسماعيل الوزير وزير العدل الأسبق باليمن، والمستشار الدكتور عبد العزيز محمد سالمان، نائب رئيس المحكمة الدستورية العليا في مصر، والسيد المستشار حمدي أبوزيد، نائب رئيس مجلس الدولة وعضو المحكمة الإدارية العليا في مصر.
يترأس مجلس إدارة المحكمة المستشار فاروق سلطان، رئيس المحكمة الدستورية العليا الأسبق ، ويتولي السيد المستشار مجدي حسين العجاتي، وزير الشئون القانونية بمجلس النواب سابقًا منصب النائب، ويضم نخبة من القامات القضائية والقانونية والشخصيات العامة ورجال الدولة رفيعي المستوى في الدول العربية.
تتألف الأمانة العامة من أمين عام وأمينان مساعدان، وتضم عدد من القطاعات لمتابعة سير العمل اليومي بالمحكمة وهي : الاعلام – المراسم والعلاقات العامة – النظم والمعلومات – الاتصالات والتنسيق – العلاقات الخارجية
